在RO系统中，RO反渗透纯水机价格主要存在的是好氧性细菌，一般未见真菌和霉菌，好氧菌在系统不同阶段分布不同，原水罐是滋生细菌的主要场所，其次RO处理器内部也有细菌的生长。
在反渗透水处理系统运行过程中，反渗透纯水机若系统设计不合理或运行控制不当，必然会出现膜污染的情况。在膜污染的几种类型中(沉淀污染、微生物污染、胶体污染等)，微生物污染具有其特殊性，它在反渗透水处理中所造成的运行困难是最严重的一种。目前，国内在反渗透水处理系统运行中，膜的微生物污染问题日渐突出。
生物污染是指微生物在膜-水界面上积累从而影响系统性能的现象。微生物污染是膜材料、流动参数(如溶解物，流动速度，压力等)和微生物间复杂的相互作用的结果。微生物污染基本上是一个生物膜生长的问题
微生物污染的主要来源是RO进料水。由于地表水和浅层地下水中都存在着微生物，预处理系统未正常有效工作，微生物就会进RO组件，而RO组件内部潮湿阴暗可为微生物生长提供理想环境，若在进人反渗透系统前不加以杀灭，这些微生物将以反渗透膜为载体借助反渗透浓水段的营养盐而繁殖生长，在温较热的条件下，微生物的生长更是迅速，几天之内便可在反渗透膜表面形成生物膜层，导致反渗透系统进出水间压差迅速增大，产水量与脱盐率快速下降，同时污染产品水。另一方面预处理也可能是微生物污染源，如辅助除去悬浮物体的絮凝剂过量，给微生物提供了适宜的生长环境。